В игре придётся занять место капитана подлодки Seaquest. С земли будут поступать задания, которые нужно выполнять. Место куда нужно добраться обозначено на навигационной карте. Приплыв в указанное место, выпускаем нужные минисубмарины и выполняем нужную работу. Подлодка Seaquest перемещается по глобальной карте с видом сверху сбоку, на этой же карте и происходят боевые действия между крупными субмаринами. Минисубмарины плавают на локальных картах местности с видом сбоку. Уничтожая противников, как крупные подлодки, так и чужие минисубмарины, зарабатываются деньги, которые можно потратить на закупку дополнительных минисубмарин.