Третья игра серии, Super Metroid, была выпущена на Super Nintendo Entertainment System (SNES) в 1994. Стиль игры вернулся к тому, что был в первой части, однако, арсенал предметов ещё более расширился. Действие Super Metroid происходит на той же планете, что и в оригинальной игре, но с помощью возможностей SNES (а также необычайно большого картриджа в 24 мегабита) предоставляет более обширную и разнообразную окружающую среду, а также более подробное описание сюжета, нежели это было в предыдущих частях. Super Metroid была одной из самых популярных игр на SNES. Она получала хвалебные отзывы о графике, звуке и размере. Она оставалась популярной, часто занимая верхние позиции в списках «игр всех времён», включая первое место в Electronic Gaming Monthly.